2001年12月、全国整体療法協同組合が厚生労働省医政局医事課より認証を受け設立されました。地区ごとの地方厚生局レベル、知事認可のレベルの事業協同組合とは違い、47都道府県を網羅した全国規模の整体療法の事業組合が認可された意味は計り知れないほど大きいものと思われます。整体療法施術者の経済的な安定技術の向上を目的に厚生労働大臣の認可を受け設立されました。全国47都道府県を網羅した整体療法業界では唯一の認可団体です。

全国整体療法協同組合は、国家資格（柔道整復・鍼灸など）を管理している医政局医事課より許可を頂いた協同組合法という法律に基づいた団体です。その証明が「医政第742号」という番号です。卒業後、厚生労働大臣認可（医政第７４２号）全国整体療法協同組合より整体師として認定を受ける事が出来ます。